1921-1945
Taani tunnustas Eesti iseseisvust 1921. a. veebruaris. Aasta hiljem – 1922. a. nimetati Taani saadikuks Eestis Flemming Lerche, kes resideeris Helsingis. Juba 1918 oli Taani nimetanud peakonsuliks Tallinnas maaparandusspetsialisti J. C. Johanseni. Johansen oli Eestis elanud palju aastaid ja tundis kohalikke olusid hästi. Pärast Johanseni surma 1929. a. ülendati peakonsulaat saatkonnaks, kus töötas diplomaatiline personal. Ajavahemikul 1929-1940 olid Tallinnas ajutisteks asjuriteks Theodor Schultz, Rasmus Kamp ja Johan Oluf.
1918-1919. a. esindasid Eestit Taanis mitmed kultuuriisikud, näiteks kirjanik Eduard Vilde ja lavastaja Karl Menning. Hiljem oli Eesti Taanis esindatud Stockholmi saatkonna kaudu ja Kopenhaagenis määrati ametisse Eesti peakonsul. Aastatel 1926-1938. a. kandis seda tiitlit Ernst Carlsen, üks Taani reklaamitööstuse pioneeridest.
Alates 1930. aastast tegutses Kopenhaagenis diplomaatilise personaliga Eesti saatkond. Sarnaselt Taani diplomaadiga Tallinnas oli Kopenhaagenis resideerival Eesti diplomaadil tiitel alaline asjur, chargé d’affaires e.p. Aastatel 1930-1940 pidasid seda ametit Otto Grant, Artur Haman (Tuldava) ja August Koern (1900-1989). Viimati nimetatu määrati ametisse 1939. a. ja temast sai Eesti riikluse õigusliku järjepidevuse jätkaja pärast Eesti okupeerimist Nõukogude Liidu poolt 1940. a.
Taani võimuorganid ei tunnustanud Koerni pärast 1940. a. augustit Eesti diplomaatilise esindajana, kuid pärast saksa okupatsiooni lõppu 1945. aastal, kui Taani sai taas ise oma välispoliitikat määrata, ei tunnustanud Taani sarnaselt enamuse teiste lääneriikidega nõukogude okupatsiooni Eestis. Selle nn. mittetunnustamispoliitika tõttu olid Taani ja Eesti vahelised ametlikud sidemed nõukogude ajal minimaalsel tasemel.
1990 – kaasaeg
Taani Kuningriik oli Islandi järel teine riik, kes 1991. aasta augustis (24.08.1991) taastas taasiseseisvunud Eesti Vabariigiga diplomaatilised suhted. Esimene suursaadik Otto Borch lähetati Kopenhaagenist Eestisse 26. augustil 1991, mõned päevad pärast diplomaatiliste suhete taastamist. Borchile järgnes Sven Erik Nordberg (1991-1994), kelle omakorda vahetas välja Svend Roed Nielsen (1995-2000). Talle järgnesid Jørgen Munk Rasmussen (2000-2005), Kirsten Rosenvold Geelan (2005-2009), Uffe A. Balslev (2009-2012), Søren Kelstrup (2012-2017) ja Kristina Miskowiak Beckvard (2017-2022). Alates 2022. aastast on Taani suursaadikuks Eestis Niels Boel Abrahamsen.
1990. aasta detsembrikuus avati Taanis Eesti esimene välisesindus peale Teist maailmasõda – Balti Infokeskus Kopenhaagenis. Esimene Eesti Vabariigi suursaadik Taanis oli Arvo Alas (1991-1996), seejärel esindasid Eestit Jüri Kahn (1996-2001), Taavi Toom (2001-2006), Meelike Palli (2006-2011), Katrin Kivi (2011-2015) ja Märt Volmer (2015-2019). Alates 2020. aasta jaanuarist on Eesti Vabariigi erakorraline ja täievoliline suursaadik Taanis William Mart Laanemäe.
Eesti ja Taani suhted on olnud stabiilselt väga head. Taani oli Põhjamaadest esimene, kes 1993. aastal sõlmis Eestiga viisakohustuse kaotamise lepingu.
Rahvusvahelisel tasandil väljendas Taani mitmete aastate vältel korduvalt oma tugevat toetust Eesti liitumisele Euroopa Liidu ja NATOga. Seda kinnitas ka tõsiasi, et esimese riigina ratifitseeris just Taani 4. juunil 2003 Eesti EL liitumislepingu. Enne Eesti ühinemist Euroopa Liiduga, aastatel 1992-2003, toetas Taani Eestit kahepoolse abi raames kokku 2,3 miljardi Eesti krooniga (147 miljoni euroga). Suurema osa abist moodustasid keskkonnaprogrammid (sh energeetika, Balti Agenda 21 rakendamine), kaitseküsimustele suunatud toetus (toetus NATO liikmelisuse ettevalmistamisele) ja eurointegratsiooni-alane (FEU programm) koostöö.
Head suhted on ka kahe riigi parlamentide vahel, aastate jooksul on toimunud nii kõrgetasemelisi visiite kui ka mitmeid töiseid kohtumisi. XV Riigikogu koosseisus on tegev Eesti-Taani parlamendirühm (esimeheks on Maris Lauri). Koostöö toimub ka Põhjamaade ja Balti riikide (NB8) parlamentide koostöö raames.
Mitmed Eesti ja Taani omavalitsused on sõlminud kahepoolsed koostöölepingud.
2007. aastal alustas Tallinnas tegevust Taani-Eesti Kaubanduskoda (DECC).
Eesti ja Taani kaitsekoostöö on aastaid olnud heal tasemel. 90ndate aastate vältel oli Taani Eesti kaitseinstitutsioonide arengu üks peamisi toetajaid. Taani on koordineerinud mitmeid Balti riikide riigikaitse ülesehitamiseks mõeldud rahvusvahelisi projekte ning abistanud BALTBATi, BALTRONi ja BALTNETi rajamisel ning edasisel tegevusel. Märtsis 1994 sõlmitud riigikaitsealane koostööleping Taaniga oli Eestile esimene riikidevaheline kaitsekoostööalane raamleping. Taanis on saanud väljaõpet mitmed Eesti Kaitseväe üksused.
Eesti osales koos Taani ja Suurbritanniaga ISAF operatsioonis Afganistani Helmandi provintsis. 2014. aasta maist septembrini viis Taani õhuvägi esimesena Ämari baasist läbi õhuturbemissiooni. Eesti panustas 2016. aastal instruktoritega Taani kontingenti Iraagis Anbari provintsis. Eesti kaitseväelased on Taani üksuse koosseisus tegelenud Iraagi relvajõudude sõdurite väljaõpetamisega. Lisaks on Taani varem panustanud Balti kaitsekolledži tegevusse.
Eesti ja Taani vahel on sõlmitud järgmised lepingud: